Pegasus Havayolları Filosu şu uçaklardan oluşmaktadır (26 Eylül 2009 itibariyle):

* 13 Adet Boeing 737-800
* 3 Adet Boeing 737-500
* 2 Adet Boeing 737-400

Ayrıca İZair ile ortak uçuşlarında;

* 3 Adet Airbus A-319
* 2 Adet Airbus A-320 kullanmaktadır.