İzmir’in İlk Osmanlı yöneticisi Karasubaşı Hasan Ağa’dır. O dönemlerde ikinci dereceden sancaktı. 1605-1606 yıllarında Arap Sait ve Kalenderoğlu ayaklanmalarını gördü. Şehir ticaret bakımından bir çok ile göre geliştirmişti kendini. Sebebi ise yabancılara tanınan kapitütilasyonlardı. sırayla 1619 ile 1620 yıllarında Fransız ve ingiliz konsoloslukları açıldı. Bu arada şehrin nüfusuda artmaya başladı. Bazı kaynaklara göre 16.yy’da İlde 19 cami, 18 havra 1 Rum Ortodoks kilisesinin bulunduğu ve 9 mahalleden ikisinin haristiyan olduğu bilgisi var. Mezkezde Müslüman-Türkler çoğunlukken Musevi cemaati bulunuyordu. Bu durumu Evliya Çelebide seyahatnamesinde yazmış. Yazıda gayrimüslimlerin çoğaldığı ve ticaretin geliştiği yer alıyor.
Sonraki dönemlerde veba salgını ve 1742’de büyük bir yangın çıkar. Yangında şehrin yaklaşık olarak yarıısı yanar. İzmir’e paşa düzeyinde yapılan ilk atama,1707’de Abdullah Paşa olmuştur. 18. ve 19.’ın Fransız, İngiliz, Hollandalı ve İtalyan tüccarların bir numarasıydı. Aydın eyaleti 1841’de geçici 1850’de temelli İzmir’e aktarılmıştır. Bölge önemli değerlere sahip olduğu için koruması her zaman zor olmuştu.

Şehir I. Dünya Savaşından 15 Mayıs 1919’da Yunanalarca işgal edilerek çıkabildi. İşgal 9 Eylül 1922’de sona erdi. 13 Eylül 1922da yangın başlar ve söndürülmesi çok zaman alır.